序章 暗黒時代・上

チェルノボーグの中枢区画にある、救命用の「棺桶」で眠っていたドクターは、ある少女の声で目を覚ました。 記憶をなくしたドクターに対し、少女はアーミヤと名乗る。そして彼女がドクターに事情を説明しようとした矢先、レユニオンという組織の人間が襲撃を仕掛けてきた。

部隊を率いて救援に来たドーベルマンが現状を説明する。 会話の最中、ロドスの支援システムであるPRTSがアーミヤに連絡を取ってきた。そして、それをきっかけに、ドクターは指揮システムへの接続を果たすのだった。

レユニオンが起こした暴動によって、チェルノボーグの秩序は崩壊した。街中が焼かれ、略奪を受け、混乱の渦に飲まれている。 撤退すべきと理解しながらも、人々を救うべく、ロドスはレユニオンに立ち向かった。

無事、レユニオンを退けたものの、感染者であるアーミヤは、助けた住民たちに恐れられてしまう。 それを目の当たりにしたドクターに、アーミヤとドーベルマンは、感染者やロドスについての状況を簡易的に説明した。

市中のテレビ放送は、チェルノボーグの勝利を告げるニュースを流している。しかし実際は、周囲のすべてがこの街の破滅を示唆していた。 けれども、慎重なロドス一行には、いまだ一縷の望みがあった。

ドクターと一行は、ウルサスの憲兵団に遭遇する。両者が一触即発となったその時、レユニオン幹部の率いる部隊がやってきた。 しかし、レユニオンと対峙した憲兵たちは、ロドス一行をその場から逃がしてくれたのだった。

撤退作戦が続く中、ドクターたちは、応援として駆けつけてきたAceとようやく合流した。 彼はドクターが記憶喪失であることを受け入れ、それでも今まで通りに指示を受けると表明するのだった。

オペレーターたちは、レユニオンの残酷さに言葉を失っていた。 しかし、天災が訪れようとしている今、レユニオンが争いを起こした理由はわからずとも、ロドスには撤退以外の道はない。

一息つく間に、一同はレユニオンの奇妙な行動について討論をする。 そして、その中でドーベルマンは、彼らのリーダーが想像通りの人物であれば、これは始まりに過ぎないのかもしれないと指摘した。

通信が途絶えたことによるパニックが、オペレーターの間に広がっている。 それと時を同じくして、先ほど遭遇したレユニオン幹部が再び一行の前に現れた。その上、今回姿を見せたのは彼女だけではないようだ。

クラウンスレイヤーと呼ばれた女は、嘲笑と共に立ち去った。しかし、メフィストと名乗る少年は立ち塞がったままだ。 そうして彼は、傲慢な態度でロドス一行を命懸けの「ゲーム」へと誘うのだった。

メフィストは傲慢さだけでなく、強さをも併せ持っていた。彼が指揮する部隊によって、ロドスは次第に追い詰められていく。 そんなところへ危機一髪で駆けつけたのは、カジミエーシュの耀騎士（ようきし）・ニアールだ。

ニアールが口にした皮肉に、メフィストは激怒する。彼の指示のもと、ファウストという名の狙撃手が強烈な一撃を放ってきた。 ファウストの技術には、確かに目を見張るものがある。しかし、撃ってきた以上彼の居場所はわかっていた。そこで、牽制をして時間を稼ぎ、ロドス一行はその場を離れるのだった。

一行はレユニオンの包囲を突破する。しかし、先ほど目にした彼らの実力は、強く印象に残るものとなった。 一方その頃、メフィストとファウストは、しばし息を整えたあと、再び自分たちの仕事へと戻っていった。