聖山降臨1101

ある平凡な日、イェラグにこの千年で初めての天災が発生した。

天災発生後、三大名家はただちに救助活動を開始した。しかし、天災がもたらした恐慌は人々の間に広がっていく。そんな中、エンヤはヤエルの失踪に気づいた。

ノーシスは天災の原因を確かめるべくライン生命観測所を訪れた。彼の要請に応えて調査をしたエレナが、天災発生前の観測記録が故意に改ざんされていたことに気づいた時には、担当研究員のカロリンは行方をくらましていた。ほどなくして、怒れるイェラグの民衆が観測所を包囲した。

ライン生命観測所でのデモは速やかに沈静化された。一方で、ヴィクトリアからイェラグへ大量の救援物資が届けられたものの、その「善意の行動」の裏には、別の思惑が隠されているようだ。

エンシオディスは圧力を受けながらも状況の維持に努めていた。その頃、蔵経閣で天災の原因を探っていたエンヤは、大長老の導きを受け、民心を安らがせるべく聖巡の儀式を始める。

シルバーアッシュとペイルロッシュの領地で、当主を狙った暗殺事件が発生する中、ヴィクトリア大使はラタトスに会い、ブラウンテイル家と協力関係を結ぶことを要求してきた。他方で、聖巡の儀式の最中、エンヤは刺客の襲撃に遭い、窮地に陥ったところを、若き猟師に救われた。

若き猟師ジョアンナは、エンヤを家まで連れ帰り治療を施したが、彼女が巫女であることを知り、かえって距離を取るようになった。一方、アークトスは暗殺事件がブラウンテイル家によるものではと疑い、三家の関係は再びぎこちないものとなってしまう。

ラタトスはヴィクトリア大使と再度会い、厄介な存在であるアークトスの排除をほのめかす。その頃、ジョアンナとエンヤの関係が雪解けを迎え始めたところへ、再び刺客による襲撃が起こった。

デーゲンブレヒャーの助けを借りて刺客を撃退したエンヤたちは、刺客の狙いが「ペイルロッシュ家が巫女を殺害したと見せかけること」にあったと察した。ラタトスはヴィクトリア人と協力するフリをしながら、スパイを誘き出す策を巡らせていたが、逆に襲撃を受け、彼女のいた館が焼け落ちるに至った。

ラタトスの葬儀が執り行われ、スキウースがその重責を引き継いだことで三家の対立は緩和した。その頃、エンシオディスはカスター公爵からの圧力を受けており、またエンヤはイェラガンド消失の真相を探るため、再び旅立ったところだった。

天災前夜に観測された異常なデータの復元に成功したエレナは「空から来たもの」がイェラグに墜落していたことを知る。そこで、その真相を探り、失踪したカロリンを探すため、彼女はひとり観測所を離れた。

蔓珠院の蔵経閣で、エレナは偶然戻ってきていたエンヤと出会い、話し合いの末、イェラグで起きた天災の原因を共に突き止めることにした。一方、姉の残した伝言を見つけたスキウースは、ラタトスがエンシオディスと以前から密かに協力していたことを知る。

本腰を入れて介入してきたカスターは、エンシオディスが採掘場に隠した秘密を調査するよう「グレーシルクハット」に命じた。その頃、エレナは自身の発見を手紙にしたためてノーシスに送った後、「空から来たもの」の墜落地点を探すため、エンヤたちと共に採掘場へと向かった。

蔓珠院は近頃のイェラグの外交問題を理由に、エンシオディスを罪に問い始めた。一方で、採掘場の強行調査を敢行したヴィクトリア大使は、採掘場内で、大型兵器を作ろうとして失敗した末できた大量のスクラップを発見した。

ノーシス一行は、イェラグの軍事機密を盗み出したらしきカロリンの身柄を確保すべく動き出す。一方、エンシオディスは内通者を捕らえるべく、部下を率いて蔓珠院へ向かう。事態は極めて緊迫しており、エンシオディスと蔓珠院は一触即発の状態にあった。

エンシオディスは正式に蔓珠院を制圧し、ヴィクトリアと内通していたアドソ長老を逮捕した。だがカスターは反撃の一手を打ち、カランド貿易こそがヴィクトリアの最大の盟友であると公言する。採掘場の奥へと踏み込んだエレナたちは、天災の原因に関する自分たちの推測が完全に誤っていたことを知り、失望した。

カスター公爵が世論を煽動したことで、エンシオディスは不利な立場に追い込まれていく。 ヴィクトリアの記者は取材中、突如何者かの襲撃を受けて誘拐されてしまった。目覚めた彼女の目の前にいたのは、死んだはずのラタトスだった。

エンシオディスがカランド貿易を辞したことでノーシスがカランド貿易の代表となり、ヴィクトリアとの協力関係すべてを停止した。一方、カロリンは情報を引き渡した後、ヴィクトリア人によって口封じをされかけるが、マイレンダー基金の手で救われた。

自ら軍を率いてきたカスターは、民衆に対しエンシオディスの「搾取と独裁による数々の悪行を告発」する。その頃聖山カランドではアドソ長老がエンヤたちに出会い、信仰を巡る考え方から対立し、共に真相を確かめに向かうことになった。

カスター家の艦隊が迫る中、エンシオディスはカスター公爵によって、「グロリアーナ」号での会談に招待される。他方で、遺跡に辿り着いたエンヤたちは、イェラガンド消失の真相に近づいていた。

カスターによる軍事的圧力を前にしても、イェラグの民は容易には屈しなかった。デーゲンブレヒャーはラタトスを守るべく「グレーシルクハット」に包囲されながらも戦い、アークトスは兵を率いて辺境で敵軍と対峙する。その頃、エンシオディスは軍需工場で最後の準備を始めていた。

エンシオディスは単身「グロリアーナ」号の甲板に向かい、イェラグを代表してカスター公爵と交渉を始める。一方、エンヤたちは隠された洞窟の中で、巨大なイェラガンド像と氷像となった巫女たちを目の当たりにし、幻の中へと引き込まれていく。

幻の中でイェラガンドに別れを告げたエンヤはカランドの山頂へと登り、イェラガンドの加護を最後にもう一度だけ借り、天災を祓った。他方で、エンシオディスの策略とイェラグの民の粘り強い抵抗により、カスターは撤収を選択した。

すべての事態が収束し、イェラグの信仰の在り方と結束の形は密かに変わり始めていた。ライン生命は引き続き「空から来たもの」の研究を進めており、エレナはエンヤの助けを借りつつ、それが発する「言葉」の解読に成功するのだった。